El Instituto Peruano de Energía Nuclear cuenta con tres sedes ubicadas en los distritos de San Borja, Magdalena del Mar y Carabayllo.
Sede Central
En esta sede operan las siguiente dependencias:
- Alta Dirección
* Oficinas administrativas
* Administración
* Asesoria jurídica
* Planificación
- Reactor de Potencia Cero (RP-0)
- Centro Superior de Estudios Nucleares (CSEN)
Centro Nuclear
En esta sede operan las siguiente dependencias:
- Reactor de Potencia 10 (RP-10)
- Laboratorio de Irradiación
- Laboratorio de Investigación y desarrollo
- Planta de Producción de Radioisótopos (PPR)
- Laboratorio Secundario de Calibraciones Dosimétricas (LSCD)
- Planta de Gestión de Residuos Radiactivos (PGRR)
Sede OTAN
Las funciones de regulación y control del uso seguro de las fuentes de radiaciones ionizantes a nivel nacional son ejercidas por la Oficina Técnica de la Autoridad Nacional (OTAN), de conformidad con las funciones establecidas por Decreto Ley 21875, Ley 28028 – Ley de Regulación del Uso de las Fuentes de Radiación Ionizante y por el Reglamento de la Ley 28028, así como por la Ley 27757, encargada de controlar las importaciones de fuentes de radiación ionizante, sean éstas nuevas, usadas o repotenciadas.
Las funciones de la OTAN comprenden: Aprobación de autorizaciones, realización de inspecciones, fiscalización del cumplimiento y emisión de normas de seguridad radiológica y nuclear.